WGA のまとめ- @PEDIA(アットペディア)

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2009-12-04

<span>WGA</span> Viewer - WGA Viewer - aspirin-marcov @ ウィキ

2009-12-04 19:20 : http://www34.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/106.html : [[チェック]]

データベースに接続できないダウンロードしてみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとするデータ読み込み今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。File-Open external data file-make input file for WGAViewerSNP名とp値がインプットされているカラム名を入力mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布（回帰分析や量的形質のときとか）でも書けてらくちん。Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。Top hitsタブを選択SNP名をクリックしAnnotationを選択LD spanつづく

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